Comment chouchouter son microbiote intestinal pour prévenir de nombreuses maladies ?

«Toutes les maladies commencent dans l’intestin », lançait Hippocrate il y a 2.400 ans. Et il n’avait pas tout à fait tort ! Depuis les années 2000, grâce au séquençage ADN et à la métagénomique, les chercheurs décryptent le rôle clé dans la santé du microbiote intestinal.

« Le microbiote, c’est 30 ans de recherche, une science encore plus jeune que l’IA », souligne Cécile Lorenzo, directrice de la recherche et de l’innovation Danone France, lors d’une conférence de presse organisée ce mardi par Activia et l’Ifop autour des résultats d’une enquête intitulée « Les Français et leur microbiote ». À l’occasion de la Journée mondiale du microbiote, le 27 juin 2025, voici comment chouchouter ce petit monde !

Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?

Cet écosystème de 100.000 milliards de micro-organismes (bactéries, virus, champignons, archées) pesant 1 à 2 kg selon l’Inserm, est furieusement tendance depuis la parution de Le Charme discret de l’intestin (éd. Actes sud, 2017) de la gastro-entérologue allemande Giulia Enders. Pour preuve, 85 % des Français savent désormais ce qu’est le microbiote intestinal, selon l’enquête Activia/Ifop.

Comme l’ADN, chaque humain a un microbiote intestinal unique dont la variété et la bonne santé sont conditionnées par le mode d’accouchement, l’allaitement, le patrimoine génétique, le tabac, l’alcool, le stress, l’alimentation et les médicaments.

Pourquoi l’entretenir ?

Nous fournissons gîte et couvert à des milliards de micro-organismes en échange de menus services comme le bon maintien des fonctions métaboliques et immunitaires. « On commence à comprendre l’impact de ce microbiote sur la santé intestinale et la santé en général », lance Cécile Lorenzo.

L’enquête « Les Français et le microbiote » montre un paradoxe : alors que 62 % des Français déclarent prendre soin de leur flore intestinale, 83 % déclarent souffrir d’inconforts digestifs, dont plus d’un tiers de manière fréquente. En cause ? « Un microbiote déséquilibré provoquant des symptômes digestifs, mais aussi de la fatigue, un manque d’énergie », souligne Cécile Lorenzo.

Ce déséquilibre entre bonnes et mauvaises bactéries, appelé dysbiose, « est beaucoup plus courant ces vingt dernières années », note Kahina Oussedik, docteure en biochimie moléculaire et alimentaire et autrice de La Révolution des microbiotes (éd. Albin Michel, 2025). Fatigue, mauvaise haleine, ballonnements, flatulences, constipation ou diarrhée et infections urinaires ou mycoses chez les femmes… La dysbiose entraîne de nombreux désagréments.

Quel est le rôle de la malbouffe ?

« Aujourd’hui, dans le bol alimentaire des Français, le premier groupe d’aliments consommés en grammes par jour, ce sont les sandwichs, pizzas et biscuits salés, des produits pratiques et faciles », constate Pascale Hebel, directrice associée de CWays, qui vient de lancer « une enquête par carnet alimentaire en roll-on ».

Résultat ? « Nos bactéries sont en colère. Depuis ces vingt dernières années, on consomme trop de sucre blanc, de l’aspartame, de la maltodextrine, du sorbitol », déplore Kahina Oussedik.

Ces dysbioses vont jouer un rôle variable dans le développement de nombreuses pathologies comme les maladies intestinales inflammatoires (maladie de Crohn), neurovégétatives (maladie d’Alzheimer), mentales (dépression), cardiovasculaires ou encore hépatiques et métaboliques. « Lorsque tout ce micromonde s’est déséquilibré, on s’est rendu compte que certaines maladies comme le diabète, l’obésité, la bipolarité ou l’hyperactivité chez les enfants ont augmenté », détaille Kahina Oussedik.

Comment entretenir son microbiote ?

« L’intestin, c’est comme un aquarium avec des micro-organismes comme des poissons. Certaines bactéries sont bonnes, les probiotiques. Il y a des poissons qui se mangent entre eux, les bactéries aussi. Pour avoir les bons poissons au sein de l’aquarium, il faut donner la bonne nourriture aux poissons », vulgarise Cécile Lorenzo. « Quelqu’un qui a une bonne hygiène de vie a un bon microbiote, qui permet d’avoir une bonne énergie, des organes en bonne santé et un très bon fonctionnement de notre organisme », renchérit Kahina Oussedik.

Les règles d’or pour préserver ce micromonde ? « On n’a jamais vu un très bon microbiote chez les fumeurs », alerte l’autrice de La Révolution des microbiotes. La consommation régulière d’alcool est aussi à éviter. « Moins on consomme de sodas, de boissons sucrées, de gâteaux et de bonbons, plus on rééquilibre son microbiote », poursuit l’experte.

Avoir une bonne alimentation est parfois compliqué. « On mange des sandwichs pas forcément par goût, mais, devant l’ordinateur, pour aller vite. Prenez des sandwichs avec du pain complet, de seigle ou d’épeautre où au moins, il n’y a pas cette farine blanche qui augmente le taux de sucre et massacre le microbiote intestinal », recommande Kahina Oussedik.

Quels aliments privilégier ?

« Les gens consomment de moins en moins de légumes verts. Les légumes verts sont des fibres, c’est le miam-miam de nos bactéries intestinales », expose l’experte. Les aliments riches en fibres comme les légumes, les fruits, les céréales, les oléagineux et les légumineuses contiennent des prébiotiques. Des friandises dont raffolent les bactéries, favorisant leur croissance et leur permettant d’exercer leurs fonctions bénéfiques sur la santé de l’hôte.

Les aliments fermentés comme le yaourt, le kéfir, le miso, le tempeh, la choucroute, le kimchi et le kombucha contiennent des probiotiques, des bonnes bactéries (bifidobactéries, lactobacilles, lactocoques…) mais aussi des levures (saccharomyces) qui aident à améliorer la digestion. « Privilégier les produits laitiers les moins inflammatoires à base de brebis et de chèvre », recommande Kahina Oussedik.

« Une personne qui a des troubles digestifs en général ne boit pas assez d’eau », prévient Cécile Lorenzo. « La plupart des eaux minérales contiennent des taux de chlorure et nitrites très élevés. Idéalement, il faudrait qu’ils soient inférieurs à 1 mg », précise Kahina Oussedik, qui recommande trois marques pour s’hydrater en préservant sa flore intestinale : la Mont-Blanc, la Montcalm et la Mont Roucous.

Et une cure de probiotiques ?

« Attention, les probiotiques ne sont pas automatiques », souligne Kahina Oussedik. Ces compléments sont à prendre sur recommandation médicale, souvent après un traitement antibiotique. « Quand on n’a pas analysé son microbiote, les plus intéressants, parce qu’ils sont toujours une bonne béquille dans la digestion, l’immunité et la réduction des inflammations dans le corps, ce sont les lactobacilles », conseille Kahina Oussedik. « Il y a de plus d’entreprises où l’on peut déposer ses selles et découvrir quelles bactéries il contient », renchérit Cécile Lorenzo. « Connais-toi toi-même », disait Socrate, et si cela commençait par l’analyse de son microbiote ?