Coronavirus : Après le variant anglais ou sud-africain, faut-il craindre les recombinants ?

PANDEMIE Des recombinants du Covid-19, une forme hybride du virus, ont été repérés au Royaume-Uni et aux Etats-Unis

Lucie Bras
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Coronavirus: Un recombinant, c'est quoi? — 20 Minutes
  • Parmi les mutations du Covid-19, on trouve le britannique, le sud-africain ou encore le brésilien. A cette famille de variants du virus, viennent s’ajouter de nouveaux membres : les recombinants.
  • Une étude britannique a annoncé en avoir découvert une quinzaine. Faut-il en avoir peur ?
  • Pour qu’un recombinant apparaisse, il faut réunir un certain nombre de conditions, « mais ce n’est pas le mécanisme majeur de l’évolution » , estime l’épidémiologiste Didier Guillemot.

Un an après le début de l’épidémie de Covid-19, on n’en a pas fini de découvrir la science complexe des virus. Après les inquiétudes autour des mutations, ce sont cette fois-ci vers les recombinants que les regards se tournent. Des virus hybrides, issus de variants différents, qui ont été repérés au Royaume-Uni et aux Etats-Unis. Ces variants, que l’on commence tout juste à repérer, sont-ils pour autant à craindre ?

C’est quoi un recombinant ?

Par nature, tout ce qui est vivant varie. « Ce qui fait la force du vivant, c’est sa variabilité, sa potentialité à proposer de nouvelles configurations pour le futur. Depuis la nuit des temps, le vivant n’est qu’une succession de variants. Nous-mêmes sommes tous des variants », explique François Renaud, directeur de recherches au CNRS et spécialiste de l’écologie et de l’évolution des maladies infectieuses.

Les virus faisant partie du vivant, eux aussi varient quand ils se reproduisent dans nos cellules. Là, deux choses peuvent se passer : la mutation, comme cela s’est produit avec les variants anglais ou brésilien. « C’est une erreur lors de la photocopie, c’est la première cause de variabilité », explique François Renaud. Et, plus rarement, une recombinaison. « Imaginez une suite de pièces de Lego, l’une est bleue et l’autre est jaune. Les pièces sont interchangeables. Vous pouvez mettre une pièce bleue dans la suite jaune. Ainsi vous créez une recombinaison. Si deux virus avec deux séquences différentes entrent dans la cellule, au moment de la recopie, je peux avoir des morceaux de l’un qui intègrent la séquence de l’autre et vice-versa », poursuit le chercheur. Un recombinant, c’est un hybride créé à partir de deux virus.

Combien ont été découverts dans l’épidémie de Covid-19 ?

Le 2 février, lors d’une conférence aux Etats-Unis, la virologue Bette Korber, du Los Alamos National Laboratory au Nouveau-Mexique, faisait état de la découverte d’un recombinant dans la région de Los Angeles, relève le site New Scientist. Découverte qui n’a cependant pas encore été publiée dans une revue scientifique.

Le 17 mars, au Royaume-Uni, le consortium COG-UK, chargé de séquencer et analyser les génomes du SARS-CoV-2, a annoncé avoir trouvé une quinzaine de recombinants, rappelle Le Parisien. Ces virus hybrides ont été classés en quatre groupes, avec, pour chacun, deux ou trois occurrences identiques, ce qui suggère une transmission interhumaine, indiquent les chercheurs. Seuls quatre sont uniques.

Quelle est la place des recombinants dans l’épidémie aujourd’hui ?

Pour qu’il y ait apparition d’un recombinant, il faut réunir des conditions particulières. En premier lieu, une très forte circulation de plusieurs variants du virus, comme récemment au Royaume-Uni, qui permette à deux pathogènes différents de contaminer un même hôte au même moment. Ces deux virus doivent se retrouver dans une même cellule. « C’est absolument anecdotique. Ce n’est pas le mécanisme majeur de l’évolution du virus », estime Didier Guillemot, épidémiologiste à l’institut Pasteur.

Et là encore, rien n’est acquis. « En cas de recombinaison, le plus probable, c’est qu’elle soit délétère pour le virus », poursuit le chercheur. « Par exemple, il y a beaucoup plus de mutations du virus que celles que l’on voit : la plupart aboutissent à un virus qui ne peut pas se reproduire ni infecter un autre hôte. Pour une recombinaison, c’est évidemment pareil. »

En d’autres termes, ces conditions sont trop rares pour que l’épidémie prenne un tournant plus dangereux. « Soyons clairs : la recombinaison est très fréquente sur les coronavirus, elle se déroule probablement pour chaque infection, mais en temps normal, elle concerne des virus identiques, qui possèdent le même génome. Cela ne veut pas dire que le recombinant est plus adapté ou possède de nouvelles propriétés. Il n’y a pas non plus de preuve qu’ils se propagent », a nuancé sur Twitter le professeur d’évolution moléculaire Andrew Rambaut.

Est-ce que la recombinaison présente un risque plus élevé ?

Mutation ou recombinaison, finalement, le mécanisme importe peu, expliquent les chercheurs. C’est la variabilité du virus qui représente un danger dans cette épidémie. « Le problème du variant, c’est sa performance : quelle va être sa contagiosité, sa virulence et sa résistance aux moyens médicamenteux pour lutter contre lui ? La grande crainte avec le coronavirus, c’est l’apparition d’un variant résistant au seul moyen que l’on a contre lui : les vaccins », explique François Renaud. Et cela peut aller très vite. En France, le variant anglais, jugé plus contagieux et plus virulent, a très rapidement remplacé la souche d’origine du virus, et représente désormais 76,9 % des contaminations dans le pays.