Coronavirus : « En Seine-Saint-Denis, on est passé, en une semaine, de 0 à 7,7 % de variants sud-africain et brésilien »

INTERVIEW Les 180 laboratoires franciliens de Biogroup observent l’inexorable montée en puissance des différents variants dans la région. Selon le Dr Laurent Kbaier, « la situation est préoccupante » en Seine-Saint-Denis

Caroline Politi

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Image d'illustration d'un test PCR.
Image d'illustration d'un test PCR. — Ludovic MARIN / AFP
  • Près de 44 % des tests PCR positifs sont liés au variant britannique en Ile-de-France. Celui-ci devrait être majoritaire au début du mois de mars.
  • Les variants sud-africain et brésilien, jusqu’alors quasiment inexistant dans la région, progressent notamment en Seine-Saint-Denis.

Le laboratoire Biogroup avait donné l’alerte quelques jours avant Noël : un premier cas de variant dit britannique venait d’être détecté à Bagneux, dans les Hauts-de-Seine. Depuis, cette souche n’a eu de cesse de progresser dans la région. Les 180 laboratoires franciliens du groupe – qui réalisent près de la moitié des tests PCR d'Ile-de-France – l’identifient désormais dans près de la moitié des tests positifs. Et commencent à voir apparaître les si redoutés variants sud-africain et brésilien. Interview avec le Dr Laurent Kbaier, biologiste, qui centralise les données du groupe.

Où en est actuellement la circulation du variant britannique en Ile-de-France ?

La semaine dernière, 44 % des tests PCR positifs traités par nos laboratoires étaient liés au variant britannique, contre 40 % la semaine précédente. On observe une progression de 5 à 10 % chaque semaine. A ce rythme-là, on estime que ce variant prendra le pas sur la souche originelle d’ici le début du mois de mars. On note néanmoins des disparités géographiques : en Seine-Saint-Denis, il est passé de 41,8 % à 46,7 % en une semaine alors que dans le Val-d’Oise, sur cette même période, il a bondi de 34 % à 56 %. Néanmoins, cette forte augmentation peu s'expliquer par la découverte d’un ou deux foyers infectieux qui font augmenter les statistiques.

L’incidence reste néanmoins relativement stable dans la région…

C’est vrai, et pour ne rien cacher, c’est surprenant. Avec la progression du variant, on s’attendait à assister à une hausse de l’incidence mais pour l’instant, celle-ci est relativement stable voire en légère baisse. Il est difficile d’en tirer des conclusions : est-ce l’effet du couvre-feu avancé à 18 heures, d’un plus grand respect des gestes barrière ou assiste-t-on à une certaine inertie avant une reprise dans les semaines à venir ? La souche originelle baisse tandis que les variants augmentent, c’est peut-être ce différentiel qui explique cette tendance. C’est impossible de se prononcer formellement aujourd’hui. L’épidémie n’a pas encore livré tous ses secrets.

Pourrait-on en déduire que le variant britannique n’est pas aussi contagieux qu’on le dit ?

Non, car on constate nous-même cette très forte contagiosité. Avec la souche originelle, on estimait qu’environ 50 à 60 % des cas contacts étaient positifs. Il arrivait fréquemment que des membres d’une famille ne soient pas contaminés alors qu’ils vivaient avec une personne qui l’était. Avec le variant britannique, tous les cas contact ou presque se révèlent positifs. Contrairement à ce qu’affirmait Boris Johnson, il n’est pas plus dangereux, mais assurément plus contagieux. C’est pour cette raison qu’il est difficile de prédire l’évolution de l’épidémie…

Qu’en est-il des variants sud-africain et brésilien dans la région ?

La première semaine de février, ils ne circulaient quasiment pas en Ile-de-France, à part dans les Hauts-de-Seine où nous avions identifié 46 cas sur un millier de PCR positives. Mais depuis la semaine dernière, la donne a changé : ces variants sont présents même si on est loin de la situation que connaît, par exemple, la Moselle. A Paris, on est passé de 1 % de variant sud-africain ou brésilien à 5,2 %, soit environ 40 cas. La situation la plus inquiétante est en Seine-Saint-Denis où on est passé, en une semaine, de 0 à 7,7 % de ce type de variants : sur 1.300 tests PCR positifs, on a relevé 608 variants britannique et 100 variants sud-africain et brésilien.

Qu’est-ce que cela présage-t-il ?

Rien n’est inéluctable, si le contact tracing est efficace, la situation peut être maintenue sous contrôle. Cela reste néanmoins préoccupant : si on identifie 100 cas, on sait qu’il y en a probablement au moins le double, des personnes qui ne se sont pas fait tester ou asymptomatiques. Il ne faut pas oublier que pendant la première vague, la Seine-Saint-Denis a été particulièrement touchée, c’est le département qui a affiché le plus fort taux de surmortalité, notamment à cause de la promiscuité des logements et d’un fort pourcentage de la population qui occupait des métiers dits essentiels. On en saura un peu plus dans les semaines à venir mais la situation est à surveiller de près.

Pourquoi ne faites-vous pas de distinction entre les variants sud africain et brésilien ?

Parce qu’il y a finalement assez peu de différence entre ces deux variants : ils ne sont pas plus mortels que la souche originelle mais ils semblent plus résistants, notamment aux vaccins. C’est d’ailleurs la principale différence avec le variant britannique.

Pourquoi n’y a-t-il pas de variant français ?

A vrai dire, on n’en sait rien. Il y en a peut-être déjà un mais on ne le sait pas. En France, on fait très peu de séquençages, c’est-à-dire d’analyse complète de l’ARN du virus. Nous nous concentrons sur la recherche des mutations qu’on connaît déjà. Donc comme on ne cherche pas de nouveau variant, il est logique qu’on n’en trouve pas. Les laboratoires pourraient pourtant procéder à ce séquençage, mais pour l’instant, le gouvernement préfère laisser cette tâche à l’Institut Pasteur ou au centre national de référence des maladies respiratoires, c’est dommage.