Coronavirus à Lille : Une nouvelle méthode de séquençage révèle la présence de 24 % de variants anglais et 6 % de sud-africain

SANTE Le chercheur lillois Philippe Froguel utilise depuis la semaine dernière une méthode de séquençage qui permet d’en savoir plus sur la présence précise de variants dans la métropole lilloise

Francois Launay

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Lille, le 14 avril 2011. Le chercheur Philippe Froguel, directeur de l'institut européen de génomique du diabète.
Lille, le 14 avril 2011. Le chercheur Philippe Froguel, directeur de l'institut européen de génomique du diabète. — M.LIBERT/20 MINUTES
  • Le laboratoire lillois du chercheur Philippe Froguel utilise une méthode de séquençage rapide des variants du Covid.
  • Les résultats arrivent en trois jours et permettent de bien identifier la présence des variants dans la métropole lilloise.
  • Et les premiers chiffres ne sont pas forcément rassurants.

C’est un kit de séquençage qui pourrait bien accélérer les choses dans la traque des variants. Arrivé il y a une dizaine de jours dans le laboratoire du chercheur lillois Philippe Froguel, il permet en trois jours de détecter très précisément la présence de variants dans les tests Covid. Si les tests PCR permettent aujourd’hui de connaître rapidement la présence ou non de variants, ils ne sont pas aussi précis.

« C’est la première fois en France qu’on peut savoir quasiment en temps réel la présence de variants. Par exemple, les enquêtes Flash de l’Inserm mettent trois semaines pour donner des résultats en séquençage. Quant aux tests PCR, je n’ai pas une grande confiance en eux. Le test PCR regarde une des caractéristiques des variants anglais, sud-africain et brésilien. Or, le variant en possède une douzaine. Avec notre séquençage, on prend en compte toutes les caractéristiques. C’est extrêmement fiable », assure Philippe Froguel.

Une étude réalisée sur 62 prélèvements

La première étude effectuée la semaine dernière sur 62 prélèvements venus des laboratoires Synlab de la métropole lilloise a permis de déterminer un pourcentage précis. On y trouve ainsi 24 % de variant anglais et 6 % de variant sud-africain. Quant au variant brésilien, il n’est pas apparu dans les analyses.

Ces chiffres sont en augmentation par rapport au mois dernier. « Il y a trois semaines, il y avait 6 % de variant anglais et 0 % de sud-africain dans la métropole », rappelle le chercheur lillois. Pourtant, s’ils augmentent, les hôpitaux de la métropole lilloise sont encore loin d’être saturés. La faute à un biais statistique selon Philippe Froguel.

« Il y a de quoi s’inquiéter car ces variants sont plus contagieux mais aussi plus mortels »

« La semaine dernière, les tests PCR effectués dans la métropole lilloise ont révélé 30 à 35 % de variant. Sauf que la réalité est un peu plus faible. Ça peut paraître anecdotique, mais en fait ça explique pourquoi les hôpitaux ne sont pas encore en tension. En fait, les tests PCR inquiètent un peu plus que la réalité, mais ils sont en avance sur les taux qu’on aura dans dix, quinze jours. Surtout que les gens qui arrivent actuellement dans les hôpitaux ont été infectés deux semaines plus tôt et pas maintenant où la présence des variants est de plus en plus forte au fil des semaines. Il y a donc de quoi s’inquiéter car ces variants sont plus contagieux, mais aussi plus mortels ».

Le chercheur estime qu’entre la fin février et la mi-mars, il y a un vrai risque de saturation des hôpitaux dans la métropole lilloise. S’il ne milite pas forcément pour un confinement strict, il regrette la lenteur de la vaccination , qui ne facilite pas les choses. Cette semaine, son laboratoire va monter en puissance et séquencer 400 prélèvements. L’occasion de voir précisément si les variants vont continuer à augmenter et si d’autres vont faire leur apparition. De quoi améliorer la lutte contre un virus toujours aussi imprévisible.