Comment l'Institut Pasteur a percé les secrets de l'E. Coli lillois en un temps record

SANTÉ râce à un partenariat public-privé, le génome de la bactérie présente chez un enfant hospitalisé a été séquencé en 3 jours seulement...

O. A. à Lille

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Pour la 1ère fois au monde, le germe de la bactérie Escherichia Coli (E Coli) responsable d'une dizaine d'intoxications dans le Nord, a été séquencé en moins de trois jours par les chercheurs de l'Institut Pasteur. Lille, le 5 juillet 2011.
Pour la 1ère fois au monde, le germe de la bactérie Escherichia Coli (E Coli) responsable d'une dizaine d'intoxications dans le Nord, a été séquencé en moins de trois jours par les chercheurs de l'Institut Pasteur. Lille, le 5 juillet 2011. — MIKAEL LIBERT / 20 MINUTES

Voilà de quoi aider ceux qui planchent sur l’Escherichia Coli. L’Institut Pasteur a annoncé mardi que les équipes installées sur sa plateforme de génomique de Lille avaient terminé en trois jours seulement le séquençage complet du génome de la bactérie E. Coli O 157. Il s’agit de la souche isolée d’un des enfants hospitalisés au CHRU de Lille.

«Grâce à notre équipement, nous avons réalisé le séquençage dix fois plus vite qu’avec une méthode classique», se satisfait Christophe Audebert, de Genes Diffusion. Cette société privée est propriétaire du «séquenceur haut-débit» qui a permis de réaliser le séquençage. La réussite est d’ailleurs le fruit d’une parfaite coopération entre le public (Pasteur, CNRS, CHRU) et le privé (Genes Diffusion, Genoscreen).

«Avant on avait la couleur des yeux, maintenant nous aurons toute la photo»

L’appareil, appelé PGM, est arrivé à Lille il y a un mois, en première européenne. Son utilisation pour séquencer E. Coli est l’une de ses premières applications. Mais pour alimenter cette Formule-1, il faut d’abord savoir briser l’ADN de la bactérie en de multiples brins, collés sur des millions de micro-billes. Le PGM analyse ensuite ces micro-billes une à une. Il reste alors un puzzle qu’un ordinateur se charge de reconstituer. «Cette phase de reconstruction est avancée, mais pas encore terminée» explique Philippe Supply, chercheur au CNRS.

La suite est à écrire: le séquençage du génôme permettra d’identifier précisément la souche incriminée lors d’une épidémie. Philippe Supply en parle comme d’un portrait-robot: «Avant on avait la couleur des yeux, maintenant nous aurons toute la photo». Le portrait permet aussi d’évaluer la virulence de la bactérie, en identifiant les toxines programmées par son ADN. Mais tout ça ne se fera pas en trois jours. «Du moyen terme», estime Philippe Supply.