Coronavirus : La France sous-estime-t-elle le nombre de contaminations à Omicron ?

MAUVAIS CALCULS La faible proportion de cas du variant Omicron parmi les malades du Covid-19 a de quoi étonner compte tenu de la tournure que prend la pandémie au niveau mondial

M.F
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Le gouvernement français a des chiffres bien en dessous de ses voisins concernant la propagation du variant Omicron. (Illustration)
Le gouvernement français a des chiffres bien en dessous de ses voisins concernant la propagation du variant Omicron. (Illustration) — BENOIT TESSIER / POOL / AFP
  • En France, le gouvernement estime que 20 % des contaminations au coronavirus pourraient désormais être imputées au variant Omicron, alors que plus de 73.000 cas ont été enregistrés mardi soir et que moins de 400 cas du variant Omicron sont officiellement identifiés.
  • Les chiffres français sont bien en dessous de ceux d’autres pays également touchés par la propagation du variant Omicron, qui est déjà majoritaire par rapport au Delta chez certains.
  • Si le gouvernement assure que c’est sa politique de vaccination et de restrictions qui justifie ce décalage, le taux de criblage et le temps nécessaire pour précisément identifier le variant pourraient également être en cause.

Les experts, les gouvernements du monde entier, l’OMS… Tout le monde l’assure : le variant Omicron se propage à un rythme inédit, comme aucun autre avant lui. Conséquence, depuis sa découverte il y a moins d’un mois en Afrique du Sud, le nombre de cas explose.

Sauf en France, où l’on compte officiellement moins de 400 cas d’Omicron. Dans le même temps, rien que mardi soir, quelque 73.000 nouvelles contaminations au coronavirus ont été recensées en 24 heures. La France serait-elle épargnée par on ne sait quelle grâce divine ? Le gouvernement aurait-il trouvé le remède miracle à la pandémie ? Ou bien les chiffres sont-ils sous-estimés ?

En comparaison avec les autres pays, les chiffres français sont-ils réalistes ?

Partout dans le monde, des pays subissent de plein fouet l’expansion du variant Omicron. Mi-décembre, l’Agence de la sécurité sanitaire au Royaume-Uni assurait que le nouveau variant progressait au rythme de 200.000 personnes contaminées par jour et pourrait atteindre entre 300.000 et 400.000 cas par jour avant la fin de l’année. En Espagne, Omicron représentait 47,2 % des nouveaux cas diagnostiqués entre le 6 et le 12 décembre. Ce mercredi, le gouvernement danois a estimé qu’Omicron était désormais majoritaire, moins d’un mois après sa première détection dans le pays. La veille, le gouvernement américain annonçait la même sentence avec un Omicron qui représenterait  73 % des nouvelles contaminations.

Du coup, la France et ses 347 cas officiels au 17 décembre surprennent un peu. La veille, le 16, Olivier Véran avançait pourtant une bonne raison, celle d’une « stratégie d’isolement, de traçage, de contact tracing, de séquençage, de criblage » efficace ayant permis de freiner la progression du variant « avec succès ».


Pourquoi les chiffres sont-ils flous ?

Tout simplement parce que tout le monde ne donne pas exactement les mêmes chiffres. Mardi, le porte-parole du gouvernement, Gabriel Attal, a annoncé qu’environ20 % des cas positifs au Covid-19 en France relevaient désormais du très contagieux Omicron. Il a précisé qu’en fin de semaine dernière, il ne représentait que 10 % des contaminations. De son côté, Santé publique France indique que parmi les cas positifs séquencés sur la semaine du 6 décembre,  97 % sont liés au variant Delta et 2,1 % d’Omicron.

Enfin, le site Covid Tracker assure que l'« on suspecte qu’Omicron représente jusqu’à 10.3 % des cas positifs en France ». L’outil qui permet de suivre l’évolution de l’épidémie précise que ce pourcentage se base seulement sur « la proportion de tests criblés n’ayant pas la mutation L452R ». De quoi légèrement s’emmêler les pinceaux.

Comment peut-on savoir qu’une contamination est liée à Omicron ?

La détection se fait en deux temps. Le criblage, puis le séquençage. Lorsque le test d’un individu est positif, il est criblé. C’est-à-dire que les scientifiques vont identifier une ou deux mutations qui le composent. On sait par exemple que la mutation L452R est présente sur le variant Delta, mais pas chez Omicron.

Si elle ressort, c’est donc négatif à Omicron. Mais si elle est absente, cela signifie que Delta est écarté ; les scientifiques procèdent alors à une étude plus poussée du test : c’est le séquençage, soit l’étude complète du génome viral. Le criblage donne donc une tendance, mais pas un résultat exact, et le séquençage demande un peu plus de temps.

Pratique-t-on assez de séquençages ?

Le 14 décembre, Gabriel Attal affirmait sur Franceinfo que « l’essentiel des cas positifs qui sont détectés en France » était criblés, puis séquencés. « On fait plus de 10.000 séquençages par semaine », disait le porte-parole du gouvernement, précisant que cela permettait « d’identifier assez largement les cas (Omicron) sur notre sol ». Sauf que la réalité est peut-être un peu différente. L’identification d’Omicron passe par le criblage des tests PCR uniquement. Or, toutes les personnes qui découvrent qu’elles sont positives au coronavirus via un test antigénique ne font pas forcément un test PCR par la suite (même si c’est normalement obligatoire).

Par ailleurs, les chiffres publiés par Santé publique France montrent bien que les tests ne sont pas du tout majoritairement criblés sur l’ensemble du territoire. Entre le 12 et le 18 décembre, seulement 19 % ont été criblés en moyenne, les taux variant selon les départements, de 0 % dans le Calvados à 60 % dans la Sarthe.