Coronavirus : Comment fonctionne le séquençage des variants du Covid-19 ?

RECHERCHE La France part à la recherche des cas positifs au variant Omicron grâce au séquençage

Jean-Loup Delmas
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Le variant Omicron se fait de plus en plus détecter en France. Mais comment ?
Le variant Omicron se fait de plus en plus détecter en France. Mais comment ? — Justin TALLIS / AFP
  • Inquiète face au nouveau variant Omicron, la France cherche à repérer le plus rapidement possible les nouveaux cas positifs à cette mutation du coronavirus.
  • Pour cela, le pays utilise le séquençage, qui permet de savoir quelle souche du virus a infecté le malade.
  • La France souffre d’une réputation de lenteur dans le séquençage des cas comparés à d’autres nations.

Neuf cas positifs au variant Omicron ont été détectés en France pour le moment. Potentiellement encore plus contagieux que Delta, peut-être plus résistants au vaccin, ce variant rendu public la semaine dernière inquiète fortement les autorités françaises. Face au risque de le voir déferler sur le pays, comme l’avait fait Alpha et Delta avant lui, la France – après avoir temporairement fermé les frontières avec l’Afrique australe – est bien décidée à détecter les cas de ce variant au plus tôt afin de limiter sa propagation. Mais au fait, comment ça se détecte un variant ?

Un test PCR ou antigénique renseigne sur le fait d’être positif – ou non – au coronavirus, mais il n’indique pas quelle souche du Covid-19 nous a contaminées : variant Delta, Omicron, Alpha, souche originelle ? C’est cette imprécision qui rend difficile la mesure des nouveaux variants en France. Pour connaître la souche précise, il faut donc aller à l’étape plus loin, le séquençage. Celui-ci est possible sur tout test PCR de bonne qualité ayant récolté suffisamment de matière, « ce qui est le cas dans la majorité des tests », note le virologue Yannick Simonin de l’université de Montpellier. Par contre, cela est impossible avec un test antigénique.

Séquencage ou criblage ? Telle est la question

Le séquençage sert à décrypter totalement le génome d’un organisme. « Il permet ainsi déterminer la séquence exacte – représentée par une suite de lettres – composant le virus. Cette technique à l’avantage de permettre d’identifier l’apparition d’éventuelles mutations par rapport à la souche d’origine », avance le virologue. Même si le génome des virus n’est pas très long, la technique met plusieurs jours à donner son verdict, ce qui rend son déploiement plus lent. C’est pour cela qu’il faut à chaque fois plusieurs jours pour déterminer si oui ou non un tel cas suspect est bien contaminé par Omicron. Sans compter un coût de matériel important lorsqu’on veut repérer beaucoup de cas, comme actuellement.

Afin d’aller plus vite, il existe une autre technique une fois qu’un variant est bien identifié : le criblage. Contrairement au séquençage qui lit tout le génome du virus, le criblage ne se concentre que sur des mutations définies : soit elles sont là, et le criblage est positif, soit elles n’y sont pas, et le criblage est négatif. Il suffit donc de repérer les mutations caractéristiques d’un variant, de les noter dans le criblage pour permettre de détecter ce variant sans avoir à passer par le séquençage, plus fastidieux. L’avantage du criblage est qu’il est bien plus rapide. « Nous avons les résultats en moins de 24 heures », explique Sébastien Hantz, professeur en virologie à l’université de Limoges. Très vite, quatre mutations caractéristiques furent par exemple repérées chez Delta, ce qui a permis de cribler ce variant et donc de le repérer plus facilement chez les cas positifs.

La France à la recherche du temps perdu

Néanmoins, le criblage ne fonctionne que sur un variant spécifique, et ne lit plus le génome du virus. Il ne peut donc pas repérer d’autres variants, encore moins en détecter de nouveaux. « Ces deux outils sont donc complémentaires pour évaluer les différentes versions du virus circulant en France et étudier leur évolution en termes de proportion des échantillons positifs », appuie Yannick Simonin. L’intérêt du séquençage varie dans le temps. « Pendant des mois, 100 % des séquençages du coronavirus en France indiquaient le variant Delta, rappelle Sébastien Hantz. On peut donc se demander si c’était vraiment utile de beaucoup séquencer. » Au contraire, maintenant qu’un variant nouveau apparaît, le séquençage est tout à fait propice pour voir son évolution, sa dynamique, voire essayer de la freiner en isolant au plus vite les personnes.

La France se traîne une sérieuse réputation de retard sur la question du séquençage en comparaison d’autres pays européens. Le pays a néanmoins fait des efforts pour régler un peu la mire. « Le programme EMERGEN regroupe huit laboratoires – pour moitié appartenant au privé. Il met notamment en place chaque semaine des enquêtes "flash" en séquençant régulièrement de façon aléatoire des échantillons de patients positifs », note Yannick Simonin.

La première semaine de novembre, un peu plus de 6.000 séquences ont été déterminées, représentant approximativement 10 % des cas recensés. « Cela reste insuffisant pour certains spécialistes, surtout lorsqu’il y a une forte augmentation du nombre d’échantillons à analyser – comme c’est le cas actuellement – et que de facto le pourcentage d’échantillons séquencés est moins important », appuie le virologue.

Séquencer beaucoup, mais sans miracle

En comparaison, l’Islande séquence quasiment l’intégralité des échantillons positifs par PCR, même si la performance est à relativiser en raison de sa faible population. Sur le continent et avec des populations plus grandes, le Danemark et le Royaume Uni font figure de leader, loin devant la moyenne des pays européens. Le Royaume-Uni couvre ainsi actuellement environ 20 % de ses cas positifs, informe Yannick Simonin.

Des performances réellement utiles ? Sébastien Hantz rappelle que le Royaume-Uni n’a pas de meilleurs résultats sur le front épidémique que la France, malgré son séquençage plus important – 179,3 décès pour 100.000 habitants pour la France contre 225 chez les Britanniques –, et c’est le cas de la plupart des pays qui séquencent plus que la France. Si le séquençage peut donc s’avérer d’une grande utilité, il n’est en aucun cas une recette miracle.