Coronavirus : Pourquoi aucun nouveau variant n’a-t-il émergé depuis des mois ?

EPIDEMIE Depuis l'hégémonie de Delta, aucun autre variant n'a émergé dans le monde

Jean-Loup Delmas
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Une zone de tri et séquençage des tests Covid à l'hôpital Henri-Mondor de Créteil.
Une zone de tri et séquençage des tests Covid à l'hôpital Henri-Mondor de Créteil. — NICOLAS MESSYASZ/SIPA
  • Alors que les variants proliféraient à la fin de l’année 2020, aucun nouveau ne s’est imposé dans le monde depuis des mois.
  • En France comme dans la majorité des pays, le variant Delta a même remplacé les autres variants précédemment installés.
  • Les variants sont-ils devenus de l’histoire ancienne ?

Entre novembre 2020 et janvier 2021, le monde a fait la connaissance des variants du coronavirus. Une nouvelle phase critique dans l’épidémie débute alors. En quelques semaines, les variants anglais, indien, sud-africain et brésilien sont notamment séquencés et inquiètent les autorités sanitaires : plus contagieux, plus létaux, rendant les vaccins moins efficaces… Chacun a ses caractéristiques propres, mais le constat est à chaque fois le même : ils sont plus dangereux que la souche originelle.

Le variant anglais, renommé variant Alpha par l’OMS, a entraîné notamment une nouvelle vague en Europe et ravagé le Royaume-Uni en raison de sa contagiosité plus élevée, avant que le variant indien, renommé Delta, ne fasse de même quelques semaines plus tard. Depuis, aucun autre variant n’a sérieusement émergé. Comment expliquer cette soudaine absence ? 20 Minutes fait le point.

Comment se forme et émerge un variant ?

Le coronavirus est un virus à ARN, une famille de virus beaucoup plus sujette aux mutations que le virus à ADN, protégé par des doubles hélices, contrairement à l’ARN qui n’est que sur un seul brin. Le Covid-19 mute néanmoins beaucoup moins que d’autres virus à ARN, telle que la grippe « normale ».

Le coronavirus risque de muter à chaque fois qu’il se transmet. Quand les mutations sont importantes et qu’elles entraînent un changement majeur du virus, on appelle cela un variant.

Tous les variants ne s’imposent pas. « Les mutations ne sont pas si rares que cela, mais pour être un variant émergeant il faut que cette mutation amène un truc en plus : que ce soit sur son pouvoir pathogène (virulence : déclencher des formes graves), sa transmissibilité, son infectiosité (capacité à infecter les cellules/a déclencher la maladie), ou son antigénicité (le fait qu’il puisse induire une réponse immunitaire) », note Anne Sénequier, médecin et codirectrice de l’Observatoire de la santé mondiale.

Dans le cadre du coronavirus, cet avantage évolutif se résume souvent à une plus grande contagiosité. Selon certaines études, le variant Delta serait 60 % plus transmissible que le variant Alpha, lui-même 50 à 74 % plus transmissible que la souche originelle de Covid-19.

Prenons l’exemple du variant Alpha au Royaume-Uni. En se diffusant plus rapidement, il a contaminé plus de personnes, qui elles-mêmes en ont contaminé plus, soit toujours moins de cibles pour la souche originale. Tandis que le variant Alpha contaminait de plus en plus, la souche originale se diffusait de moins en moins, au point d’être remplacée.

L’hypercontagiosité de Delta nous protège-t-elle d’autres variants ?

On l’a vu, le variant Delta est extrêmement contagieux, et un variant s’impose principalement sur les autres souches grâce à cela. On peut donc se demander si en raison de l’hypercontagiosité de Delta, aucun autre variant n’arrive à assez se transmettre face à lui et à s’imposer.

La France peut illustrer le propos. Fin mai, le pays compte 85 % de variant Alpha, 6 % de variant Bêta (le variant Sud-africain), un chiffre stable depuis des mois, le reste étant occupé par la souche originelle et le variant Delta. Une étude de Santé publique France du 13 octobre montre désormais que quasiment 100 % des tests en France sont du variant Delta. Certes, le variant Alpha a été remplacé comme attendu, mais également le variant Bêta.  « Aujourd’hui, pour être émergeant, il faut être au moins aussi transmissible et potentiellement avoir un autre avantage », conclut Anne Sénequier, ce qui n’est pas si simple face à Delta.

La vaccination massive est-elle une explication possible ?

On l’a également vu, plus le virus se transmet, plus il a de chance de muter. Or, la vaccination diminue à la fois les chances d’attraper le virus et de le transmettre. En conclusion, plus on vaccine, moins le virus circule, moins il a de chance de muter.

La vaccination massive mondiale pourrait donc être une autre explication : par rapport à décembre 2020, lorsque les vaccins n’existaient pas, 48,2 % de la population a reçu une première dose au jour de ce mardi et 36,5 % sont totalement vaccinés. En décembre 2020, on comptait 750.000 nouveaux cas de coronavirus par jour en moyenne dans le monde, contre 410.000 actuellement, et avec plus de tests qu’à l’époque. Le virus circule moins, ce qui peut expliquer là aussi l’absence de variants.

Les variants, fin de partie ?

Attention à ne pas crier victoire trop vite pour autant. Plus de la moitié de la population n’a pas reçu la moindre dose, et 410.000 nouveaux cas par jour, c’est encore près de trois millions par semaine. « Tant que le virus circule autant, le risque d’un nouveau variant est possible », alerte Anne Sénequier.

Sur une population mondiale aussi vaccinée, un avantage évolutif pourrait justement être une résistance au vaccin, faisant redouter une vague violente même pour des pays se pensant sortis d’affaire. « Ce qui est certain, c’est que l’émergence d’un variant résistant à notre vaccination risque d’être plus importante au fur et à mesure du temps qui passe parce que favorisant la circulation du virus », confirme Anne Sénequier.

L’une des solutions pour elle serait donc de fournir massivement des doses aux pays du Sud, très peu vaccinés. Ainsi, le continent Africain est vacciné à moins de 10 % de son 1,3 milliard de population. Un potentiel nid à variants, qui pourrait bien faire leur grand retour en cas de trop grande inertie égoïste du Nord.