Coronavirus : Le variant Delta progresse en France, même s’il reste toujours « minoritaire »

EPIDEMIE Les chiffres de Santé publique France sont moins élevés que ceux annoncés il y a trois jours par Olivier Véran

20 Minutes avec AFP

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Le variant Delta progresse en France depuis le 11 mai, mais reste encore minoritaire.
Le variant Delta progresse en France depuis le 11 mai, mais reste encore minoritaire. — Benjamin Girette/AP/SIPA

En seulement 15 jours, le variant Delta du coronavirus a déjà largement progressé sur le territoire. Selon une « enquête flash » de séquençage réalisée le 25 mai par Santé publique France, ce variant a été retrouvé dans 1 % des prélèvements, contre 0,2 % lors de la précédente enquête, le 11 mai. Un chiffre « minoritaire », mais en « augmentation » donc.

Initialement détecté en Inde, Delta est responsable notamment d’un rebond des contaminations au Royaume-Uni. L’agence gouvernementale a dit suivre cette « diffusion croissante » du variant Delta avec « la plus grande attention, compte tenu de sa transmissibilité accrue (…), d’une possible augmentation de la sévérité de l’infection et de données préliminaires en faveur d’une efficacité vaccinale légèrement diminuée, surtout lors d’un schéma vaccinal incomplet ».

Alpha toujours prédominant

Pour le moment, le variant Alpha (dit britannique) confirme sa « prédominance », avec 86,3 % des 1.723 prélèvements séquencés lors de l’enquête « flash », contre 5,6 % pour le variant Beta (dit sud-africain) et 1,1 % pour le variant Gamma (dit brésilien). Des résultats préliminaires de l’enquête flash, publiés vendredi dernier, indiquaient 88 % de variant Alpha et 0,5 % de variant Delta.

Autre moyen de surveillance des variants, les données de criblage des tests PCR positifs ne répertorient plus les variants en tant que tels depuis quelques jours, mais trois mutations « d’intérêt ». Ces données montrent que la mutation L452R, qui figure dans le variant Delta, est retrouvée dans 4,6 % des résultats.

Des données « à interpréter avec précaution »

D’autres variants sont également porteurs de cette mutation, mais « une grosse majorité, probablement au moins les deux tiers sont du variant Delta », a souligné Sibylle Bernard-Stoecklin de la direction maladies infectieuses de SPF. C’est sur cette estimation que s’est basé le ministre de la Santé, Olivier Véran, pour déclarer mardi qu'« actuellement en France, 2% à 4% des tests positifs que nous criblons correspondent à du variant indien ».

Ces données « sont à interpréter avec précaution en raison de la montée en charge progressive de (la) nouvelle stratégie de criblage mise en place depuis le 31 mai », a précisé SPF. La semaine dernière, seuls 37,5 % des tests positifs avaient fait l’objet d’un criblage, tous les laboratoires n’étant pas encore équipés des nouveaux kits nécessaires.

Une augmentation « dans les semaines et les mois qui viennent »

Au Royaume-Uni, le variant Delta s’est diffusé rapidement, remplaçant en quelques semaines le variant Alpha, apparu fin 2020 dans le sud-est de l’Angleterre.

Compte tenu des éléments montrant qu’il a « une compétitivité plus importante » que le variant Alpha, « on peut s’attendre à ce que sa prévalence augmente dans les semaines et les mois qui viennent » en France, a jugé Sibylle Bernard-Stoecklin. Mais « la temporalité et l’impact sur la dynamique épidémique ne sont pas encore prévisibles ».