Coronavirus : Les dépistages par PCR évoluent pour mieux repérer les mutations inquiétantes

RECHERCHE Santé publique France a annoncé un criblage davantage ciblé des mutations les plus inquiétantes, afin d’assurer une meilleure surveillance épidémiologique du coronavirus

Anissa Boumediene

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Désormais, en cas de test PCR positif, les biologistes chercheront à identifier la présence d'un ou plusieurs des trois variants d'intérêt sélectionnés par Santé publique France.
Désormais, en cas de test PCR positif, les biologistes chercheront à identifier la présence d'un ou plusieurs des trois variants d'intérêt sélectionnés par Santé publique France. — Pascal POCHARD-CASABIANCA / AFP
  • Plutôt que de rechercher les variants lorsqu’un test PCR est positif, Santé publique France préconise de se concentrer sur les mutations les plus inquiétantes.
  • L’agence sanitaire a ainsi sélectionné les mutations E484K, E484Q et L452R, associées à une possible augmentation de transmissibilité du virus ou à un possible échappement immunitaire, c’est-à-dire une contagiosité plus élevée et un risque de résistance aux vaccins.
  • Le but : améliorer la surveillance en repérant l’apparition éventuelle de nouveaux variants et mutations, et éviter leur propagation sur le territoire.

Il fait beau, il fait chaud, et la campagne de vaccination anti-Covid s’ouvre aux adolescents ce mardi. Mais pas question de relâcher la pression face au coronavirus et ses variants – toujours plus contagieux – qui apparaissent au fil des mois. Pour éviter les trous dans la raquette, la stratégie française de dépistage évolue.

Désormais, ce ne sont plus les variants qui seront recherchés en cas de test PCR positif, mais « les trois mutations E484K, E484Q et L452R », indique Santé publique France dans son dernier bulletin épidémiologique. Qu’est-ce que ça va changer ? 20 Minutes vous explique.

« La plus grande vigilance » face au variant Delta

Anglais, indien, brésilien, sud-africain, ou plutôt Alpha, Delta, Gamma et Bêta : aujourd’hui, difficile d’y voir clair entre les nombreux variants. En revanche, ce qui est sûr, c’est qu’à ce jour dans l’Hexagone, le variant Alpha, qui a émergé au Royaume-Uni, est toujours majoritaire : « la proportion de suspicions [de ce] variant est toujours prédominante et représente 74,6 %, d’après l’analyse des résultats de criblage en semaine 22 », soit la semaine du 31 mai au 6 juin, indique Santé publique France.

Le variant Delta, apparu en Inde, est responsable d’une nouvelle hausse des contaminations au Royaume-Uni. Les autorités sanitaires britanniques indiquent qu’ il est 60 % plus contagieux que le variant Alpha. Il est beaucoup moins présent dans l’Hexagone, mais Santé publique France relève « une augmentation récente de [sa] détection dans les prélèvements séquencés ». Il représente ainsi « entre 2 et 4 % des cas positifs » de Covid-19, soit « 50 à 150 nouveaux diagnostics » par jour, a indiqué ce mardi le ministre de la Santé, Olivier Véran. En outre, « l’apparition de clusters avec transmission autochtone de ce variant indique qu’une telle transmission a commencé en France, ce qui doit conduire à la plus grande vigilance », insiste Santé publique France.

Jusqu’à présent, les tests PCR positifs étaient ensuite soumis à des tests de criblage à la recherche des variants Alpha, Beta et Gamma. Mais la multiplication des variants pousse la France à adapter sa stratégie de dépistage.

Rechercher les mutations d’intérêt

Désormais, « le criblage évolue vers la recherche des mutations d’intérêt, explique donc l’agence sanitaire. Les mutations E484K, E484Q et L452R ont été sélectionnées, car elles sont associées à une possible augmentation de transmissibilité (L452R) ou à un possible échappement immunitaire (L452R, E484K et E484Q), d’où la nécessité de les suivre tout particulièrement ». En clair : il s’agit de mutations pouvant donner naissance à des souches plus contagieuses et plus résistantes aux vaccins. « L’amélioration de cette stratégie repose sur l’utilisation de nouveaux kits de criblage par les laboratoires », précise Santé publique France. En pratique, « c’est juste le réactif qui change, les machines sont les mêmes, décrit le Dr Lionel Barrand, président du Syndicat des jeunes biologistes médicaux. Nous devons toutefois faire des tests sur ces nouveaux réactifs, qui détectent d’autres mutations que celles qui étaient détectées jusqu’à présent ».

Sinon, « ce n’est pas une nouvelle approche, puisque nous recherchions déjà des mutations. A ceci près que dans les conclusions, on s’intéressait au nom "géographique" du variant, ce qui n’avait pas de sens puisque l’on peut avoir plusieurs variants différents dans un même pays, analyse le Dr Barrand. Ainsi, on a trouvé du variant Alpha avec et sans la mutation E484K ». D’ailleurs, « on ne s’y retrouvait plus. On avait notamment une version 4 du variant anglais qui revenait avec une mutation indienne, abonde le Dr François Blanchecotte, président du Syndicat des biologistes. On s’aperçoit que ce virus s’adapte au public qu’il rencontre en mutant. Il est donc logique d’adapter la stratégie de surveillance en ciblant les principales mutations ».

« Suivre l’évolution du virus sur le territoire »

Pour les biologistes chargés de ces tests plus poussés, « ce qui change, ce sont les cibles : on va se concentrer sur ces trois mutations, qui revêtent aujourd’hui une importance médicale. Et peut-être que dans quelques mois, on nous demandera d’en rechercher de nouvelles », explique le docteur Barrand.

Avec ce changement, « il s’agit de suivre l’évolution des mutations du virus sur le territoire français », poursuit le biologiste, grâce à cette nouvelle stratégie plus efficiente de séquençage-criblage. Ces deux techniques complémentaires fonctionnent à la manière de deux filets dont les mailles n’auraient pas la même taille. « Avec le criblage, on ne trouve que ce que l’on cherche : les variants actuellement en circulation. Le séquençage, lui permet d’identifier les mutations qui circulent, mais aussi d’en trouver de nouvelles. Et si l’on trouve de nouvelles mutations, leur séquençage pourra permettre d’ identifier un nouveau variant d’importance ». « Cette détection se traduit par un codage de la mutation à 3 chiffres et 2 lettres, comme c’est le cas de la mutation E484K​ », ajoute le Dr François Blanchecotte.

« Cribler c’est bien, mais il faut savoir pour quoi faire »

Et après, quels peuvent être concrètement les effets d’une stratégie de dépistage plus fine ? Outil fondamental de la surveillance épidémiologique, le diptyque criblage et séquençage peut renforcer la stratégie de lutte contre la propagation du virus. « A condition que la prise en charge soit modifiée, estime le Dr Barrand. Quand il y a une mutation que l’on veut absolument éviter de voir se propager, parce qu’il y a un danger sérieux de contagiosité et d’échappement vaccinal accru, il faut, pour les personnes testées positives à cette mutation, organiser une prise en charge différenciée avec une stratégie d’isolement plus drastique, prescrit le Dr Barrand. Parce que cribler, c’est bien, mais il faut savoir pour quoi faire. Or, pour l’instant, il n’y a pas de stratégie réellement cadrée sur cette question ».

Mais déjà, « si l’on met au jour un cluster qui se développe de façon importante, on va chercher autour du patient identifié tous ceux qui vont présenter cette mutation caractéristique », rassure le Dr Blanchecotte. Un traçage qui, malgré l’amélioration de la situation sanitaire en France, reste déterminant, notamment à la veille des vacances d’été. « On arrive à un palier de vaccination, à un moment où les Français qui restent à vacciner sont peut-être plus difficiles à convaincre, rappelle le médecin biologiste. En identifiant de nouvelles apparitions de mutations, on peut agir en concentrant la vaccination sur les populations proches des clusters, à l’instar de ce qui a été fait à Bordeaux, pour accentuer leur protection en cas de mutation plus contagieuse ou résistante à la vaccination ».