Coronavirus : Des chercheurs déplorent le retard en France du séquençage du génome

RECHERCHE La France séquence le virus de seulement 0,15 % des personnes infectées, alors qu’il faudrait atteindre 5 % pour être efficace selon le généticien Philippe Froguel

20 Minutes avec AFP

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Illustration d'un brin d'ADN.
Illustration d'un brin d'ADN. — SIPA

En dehors des gestes barrières, d’autres opérations sont cruciales pour contrôler l’épidémie de Covid-19. C’est le cas notamment du séquençage du génome du coronavirus. Mais la France en fait très peu, poussant chercheurs à s’inquiéter et laboratoires privés à proposer leurs services à l’Etat.

Le séquençage est une opération qui consiste à dresser un portrait détaillé du virus, via son génome, après l’avoir dépisté chez une personne infectée. En le faisant à grande échelle, on repère l’apparition de nouvelles souches comme les variants britannique, brésilien ou sud-africains.

Mais, en France « après [des] débuts encourageants, le séquençage s’est arrêté presque aussi net », a regretté le 15 février l’épidémiologiste Samuel Alizon, dans un entretien au site The Conversation. Sur l’ensemble des personnes testées positives au coronavirus dans le pays, environ 0,15 % ont fait à ce jour l’objet d’un séquençage, selon Gisaid, la base de données de référence alimentée par des chercheurs à travers le monde.

Le Danemark en pointe

Même si de nombreux autres pays sont à la traîne, comme l’Allemagne et l’Italie, cette proportion contraste avec le Danemark (20 %) et le Royaume-Uni (5 %). Depuis quelques jours, plusieurs chercheurs, comme Samuel Alizon, accentuent donc leurs critiques sur ce retard, donnant aux opposants au gouvernement l’occasion d’une nouvelle polémique après celle sur la lenteur supposée de la campagne de vaccination française.

« Voici le nouvel épisode de la saga des défauts d’anticipation du gouvernement : (…) une nouvelle fois, la France est en retard », accusait mardi à l’Assemblée la députée LR Emmanuelle Anthoine. Le ministre de la Santé, Olivier Véran, s’est défendu en soulignant que des opérations de « criblage » du coronavirus étaient déjà menées à grande échelle. Elles ont, ainsi, permis d’établir la présence importante de plusieurs nouvelles souches en Moselle. Mais le criblage n’est pas le séquençage. C’est une opération bien plus partielle, qui ne permet que d’identifier des variants déjà connus.

Ne pas être pris de court

Le criblage permet toutefois de prendre des mesures d’urgence, comme l’envoi de doses supplémentaires de vaccins en Moselle. Mais, pour éviter d’être pris de court, le séquençage donne bien plus de visibilité. Et pour être efficace, ce n’est pas la peine de séquencer tous les cas positifs mais seulement un échantillon représentatif. Le généticien Philippe Froguel juge ainsi que 5 % serait suffisant.

Dans ce contexte, des laboratoires privés expriment leur volonté de participer plus avant à ces opérations de séquençage. « Nous souhaitons vraiment contribuer de manière active », déclarait lundi sur France Info Sylvie Cado, PDG des laboratoires Cerba. Mais cette implication du privé ne sera pas gratuite pour l’Etat. La PDG évalue à au moins 150 euros le coût d’un séquençage.