Coronavirus : Tests rapides, « pooling », laboratoires mobiles… Ces nouvelles techniques qui pourraient améliorer le dépistage

EPIDEMIE Alors que les laboratoires croulent sous la demande de tests et que le nombre de cas continue d’augmenter, plusieurs pistes pourraient faciliter le dépistage à plus ou moins court terme

Oihana Gabriel

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Illustration d'un test antigénique rapide.
Illustration d'un test antigénique rapide. — AFP
  • Le nombre de contaminations au coronavirus (45.000 en une semaine) poursuit son impressionnante augmentation en France.
  • Les laboratoires et les hôpitaux ont du mal à suivre la cadence pour un dépistage important : un million de tests par semaine.
  • Mais avec les tests rapides antigéniques, le « pooling » et des mini-laboratoires mobiles, la stratégie du dépistage pourrait connaître un gros coup d’accélérateur.

Surchauffe du côté du dépistage. Avec l’ambition de réaliser un million de tests PCR par semaine, les laboratoires et les hôpitaux français ont du mal à faire face… Et les délais pour recevoir les résultats des tests s’allongent. Une épine dans le pied du gouvernement, qui sait que la stratégie pour lutter contre le Covid-19 doit s’appuyer sur un dépistage massif et bien organisé.

La bonne nouvelle, c’est que certaines innovations ou changements de stratégies pourraient faciliter la gestion de ces tests et sortir du « tout PCR ». A plus ou moins court terme.

Les tests virologiques rapides

Depuis mercredi, un nouveau type de tests pour le Covid-19 est déployé par l’AP-HP. Leur petit nom ?  Les tests rapides antigéniques (TRA). Pourquoi ? Parce qu’au lieu de rechercher l’ARN (un cousin de l’ADN) du virus, ce que fait le test PCR, ils repèrent des antigènes (des protéines présentes sur la surface du virus), plus visibles. Attention à ne pas les confondre avec les tests salivaires : ces tests antigéniques sont réalisés à partir de prélèvement dans le nez, comme le PCR. On obtient le résultat en vingt minutes. Un peu à l’image d’un test de grossesse, la couleur de la bande renseigne sur la présence, ou non, du coronavirus chez le patient.

Où est-on concrètement ? Selon la Direction générale de la santé, une première étape a été franchie. « Au cours de l’été, l’Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (Hôpital Henri-Mondor et Hôpital Saint-Louis) a mené une étude d’évaluation, avec 700 prélèvements (moitié positifs, moitié négatifs), sur deux tests antigéniques disponibles : Coris (belge) et Biosensor (coréen). Les résultats ont montré que le Biosensor, qui dispose d’un marquage CE, est efficace selon la définition de l’Organisation mondiale de la santé. L’AP-HP a donc commandé 100.000 tests Biosensor, pour pouvoir envisager leur mise en œuvre dans le cadre de la politique de dépistage. » Notamment pour les patients en attente d’une opération.

Mais la sensibilité de ces tests rapides est moindre que le PCR. Voilà pourquoi cette expérimentation en vie réelle, et uniquement à l’AP-HP, doit confirmer ou infirmer la pertinence de rendre accessible ces tests rapides. « Tout ce qui permettra de faciliter les politiques de tests nous intéresse, tout en vérifiant leur fiabilité », nous précise le cabinet d’Olivier Véran. Si le bilan s’avère positif, on peut imaginer que les personnes pourraient réaliser un test rapide dans des laboratoires, des aéroports, chez des généralistes… A condition d’avoir un professionnel capable de réaliser le prélèvement naso-pharyngé. Cette nouveauté pourrait venir enrichir la stratégie de lutte contre le Covid-19, sachant que pour l’heure, un test rapide antigénique positif doit être complété par un test PCR.

Le pooling pour une stratégie préventive

Il ne s’agit pas d’une nouvelle technologie, mais d’une stratégie différente. Certains médecins prônent une autre façon de gérer les prélèvements. Au lieu de faire un test pour chacun d’entre eux, il serait question d’en regrouper plusieurs. On pourrait ainsi prendre 10 prélèvements, les diviser en deux. Puis tester avec un seul PCR la première partie de ces prélèvements. Si le résultat de ce PCR est négatif, on peut exclure directement ces 10 personnes. Si le test est positif, il faudra repasser la seconde partie des prélèvements dans la machine pour prévenir le ou les personnes infectées. C’est ce qu’on appelle le « pooling ». Une stratégie qui permettrait de tester plusieurs millions de Français chaque semaine. Et, comme l’explique un article de Nature, de réaliser des économies de réactifs, de temps, d’argent.

Cette stratégie, déjà adoptée par le Rwanda et étudiée en Israël, semblerait gagnante en France pour trois raisons. On sait maintenant que 50 % des contaminations se font par des personnes asymptomatiques. De nombreux médecins estiment qu’il faut donc tester un maximum et qu’un million de tests par semaine reste loin de compte. Deuxième problème : les délais pour recevoir le résultat d’un test PCR s’allongent. Enfin, l’explosion des cas de Covid-19 va compliquer la tâche de celles et ceux qui cherchent les cas contacts.

« Cette technique est excellente quand l’incidence des cas est faible, explique Yvon Le Flohic, généraliste et spécialiste de la grippe H1N1. Aujourd’hui, on court après les clusters. Mais le temps de retrouver les cas contacts, il y a déjà 20 personnes contaminées, qui ont à leur tour infecté leur famille… L’idée, avec le « pooling », est qu’il serait possible de faire deux tests par semaine sur les lieux à risque. Pour sécuriser en amont ces lieux clos. C’est changer totalement de stratégie et passer d’une politique réactive à une politique préventive. »

Une piste qui ne va pas sans poser quelques soucis. Car les laboratoires, au lieu de traiter un prélèvement et un test, devraient diviser en deux chaque prélèvement, refaire le test quand celui-ci est positif… C’est une surcharge de travail pour les laboratoires déjà débordés. « Sauf si on fait le pooling au moment du prélèvement », suggère Yvon Le Flohic. Mais est-ce que les gens accepteraient de cracher tous dans un même tube à essai en temps de coronavirus ? A voir… « L’autre problème, c’est qu’on perd en sensibilité. Si on mélange 30 salives, il y a une baisse d’environ 12 % de sensibilité, reconnaît le généraliste, très au fait de la pandémie. Mais il vaut mieux faire un test moins sensible huit fois par mois que tester une fois que le cluster est constaté. »

Des mini-laboratoires mobiles

Ce n’est pas pour demain, mais cela pourrait ressembler à une véritable révolution pour le dépistage. Plusieurs entreprises et écoles travaillent à l’élaboration de minuscules laboratoires mobiles. Pour qu’au lieu d’envoyer les prélèvements vers des plateaux techniques en laboratoire, analysés à la main par des biologistes, on puisse placer dans une machine une micro-partie du prélèvement et du réactif et obtenir le résultat en moins d’une heure, sur place. Une équipe de l’Ecole supérieure de physique et de chimie industrielles de la Ville (ESPCI), avec l'Institut Pasteur, planche depuis plusieurs mois sur Covidisk . Il s’agit de « microprocesseurs qui permettent de remplacer des instruments encombrants et très coûteux » et qui peuvent être démultipliés.

Cette innovation s’appuie sur une technologie bien connue, nommée la micro-fluidique. « C’est la technologie qui permet de manipuler et de déplacer des liquides à toute petite échelle, dans des tubes un peu plus épais que des cheveux, explique France Hamber, présidente de Fluigent, start-up spécialisée dans la micro-fluidique. Comme c’est petit, ça va consommer de faibles quantités de prélèvements et de réactifs et on peut ainsi automatiser la manipulation des liquides, d’où cette très grande réactivité. » Pour expliquer la simplification obtenue, France Hamber fait cette analogie : « Certains vont prendre une certaine quantité de café en poudre, faire chauffer l’eau, la verser, mélanger… D’autres peuvent mettre une capsule dans une machine et obtenir un café. » On peut imaginer à l’avenir de minuscules laboratoires mobiles permettant de réaliser un grand nombre de tests rapidement dans des Ehpads, des aéroports, des écoles… « On aimerait avancer sur ce sujet, car la micro-fluidique est une technologie révolutionnaire pour le Covid-19, mais aussi pour d’autres pathologies », plaide France Hamber.