Pas de SARS-CoV-2 dans les huîtres et les moules… Une première étude rassurante de l’Ifremer

ETUDE Un laboratoire de l’Ifremer a analysé 21 échantillons de moules et d’huîtres, provenant des trois façades maritimes françaises, en y cherchant le virus responsable du Covid-19. Résultat : Aucune trace détectée. Mais l’étude va se poursuivre… sur d’autres échantillons

Fabrice Pouliquen

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Illustration d'une huitre en retour de maree dans le Golfe du Morbihan entre l'Ile d'Arz et Arradon, le 22 avril 2020.
Illustration d'une huitre en retour de maree dans le Golfe du Morbihan entre l'Ile d'Arz et Arradon, le 22 avril 2020. — Maxime Le Pihif/SIPA
  • L’Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer publie ce lundi les résultats d’analyses menées sur 21 échantillons d’huîtres et de moules prélevées en divers endroits du littoral français.
  • L’Ifremer voulait vérifier si l’on trouvait des traces de SARS-Cov-2 sur ces coquillages, véritables filtres à eau de mer. Auquel cas, on aurait prouvé le passage du virus, de nos eaux usées jusqu’au littoral.
  • Les premiers résultats sont rassurants : aucune trace du SARS-CoV-2 n’a été trouvée. L’Ifremer a toutefois lancé une seconde vague d’analyse d’échantillons, cette fois-ci prélevés en période de déconfinement. De quoi tout changer ?

Deux échantillons de moules et dix-neuf d’huîtres creuses, provenant des trois façades maritimes françaises. Trois sur la côte normande, huit sur les côtes bretonnes, huit sur la façade atlantique, et trois sur la façade méditerranéenne. Mi-avril, L'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (Ifremer) a mis en œuvre une opération de prélèvement d’échantillons de coquillages, afin de vérifier si des traces de SARS-CoV-2, le virus responsable de la pandémie de Covid-19, pouvaient y être détectées.

Résultat ? Sur ces 21 échantillons, aucun n’a présenté de trace de SARS-CoV-2. « Une bonne nouvelle », indique Soizick Le Guyader, responsable du laboratoire nantais « Santé, environnement et microbiologie » (LSEM) de l’Ifremer.

Des coquillages, miroir des rejets en mer ?

L’enjeu n’est pas anodin en tout cas. Entre fin décembre et les premières semaines de janvier, une vingtaine de sites de production de coquillages, de la Normandie à l’Hérault, avaient fait l’objet d’arrêtés préfectoraux de fermeture sanitaire après la contamination d’huîtres au norovirus, un virus de la gastro-entérite transmis par l’homme. Les ostréiculteurs pointaient alors la responsabilité sur les stations d’épuration et les lacunes dans le traitement des eaux usées. « Les rejets ne sont pas toujours bien traités par les stations d’épuration et le virus se retrouve en milieu maritime », dénonçait Philippe Le Gal, président du Comité régional de conchyliculture de Bretagne Sud, interrogé par l’AFP.

Une fois en mer, ces matières organiques, potentiellement chargée en virus, sont filtrées par les coquillages, pour qui c’est une source de nutriment. Voilà comment un virus peut passer de nos toilettes jusqu’aux fruits de mer.

Si ce cheminement est possible pour les virus de gastro-entérite, l’est-il aussi pour le SARS-CoV2 ? « Lors d’une épidémie de gastro-entérite au sein d’une population, on sait qu’on peut trouver des quantités impressionnantes de norovirus dans les eaux usées, parce qu’ils se transmettent par voie digestive, et ceux qui en sont malades se vident littéralement dans les toilettes, si vous me permettez l’expression », rappelle Soizick Le Guyader.

Détecté dans les eaux usées, mais pas encore en mer ?

Pour le SARS-COV2, ce n’est pas la même histoire. Il s’agit déjà d’un virus respiratoire, et il est en outre constitué d’une enveloppe qui le rend en théorie plus fragile et donc moins resistant dans l’eau. Mais ce virus garde sa part de mystère pour la communauté scientifique. Dans des régions fortement touchées par l’épidémie, notamment à Paris et dans la région Grand-Est, plusieurs analyses des eaux usées ont révélé la présence du génome de SARS-CoV-2, avec des quantités corrélées avec le nombre de personnes hospitalisées. « On a été un peu surpris de voir que le SARS-CoV2 était excrété dans les selles de patients hospitalisés à des concentrations assez importantes pour un virus à voie respiratoire », reprend Soizick Le Guyader.

Les premières analyses de l’Ifremer tendent à montrer que le virus SARS-CoV2 n’arriverait pas jusqu’aux coquillages. « Les échantillons proviennent pourtant de zones que l’on sait contaminées par des rejets humains et sur les 21 analysées, six présentaient d’ailleurs des traces de norovirus », précise la responsable du LSEM.

Rassurant pour les amateurs de fruits de mer et de baignade ?

Rassurant pour les amateurs de fruits de mer comme pour ceux de baignade en mer ? Soizick Le Guyader est tenté de dire « oui », d’autant plus que « les zones de baignade et de conchyliculture ont une qualité micro-biologique bien meilleure que là où ont été prélevés les échantillons et sont très réglementées sur ce point », rappelle-t-elle.

Néanmoins, il ne s’agit que d’un premier résultat, et rien ne dit qu’il sera confirmé dans des études ultérieures. L’Ifremer lance en ce moment la seconde vague d’analyse. « Cette fois-ci, les échantillons seront prélevés en période de déconfinement, à un moment donc il y aura théoriquement plus de monde sur nos côtes », indique Soizick Le Guyader. « Et si on en trouve, rien ne dit que ce virus est toujours infectieux pour l’homme, insiste la directrice du LSEM. Ça ne sera d’ailleurs pas simple à démontrer. »

Des analyses d’échantillons dans les stations d’épuration

En parallèle de ses analyses sur les coquillages, le LSEM a mis en place un plan d’échantillonnage sur trois stations d’épuration du Grand Ouest : deux provenant d’une zone urbaine et une d’une zone littorale. Toujours dans l’optique de chercher du génome de SARS-CoV2, cette fois-ci, directement dans les eaux usées. Les résultats sont attendus dans les prochains jours, annonce Soizick Le Guyader.