Coronavirus : Pourquoi l’analyse des eaux usées est-elle essentielle dans la bataille contre le virus ?

EPIDEMIE Plusieurs études ont détecté des traces du virus dans des réseaux d’eaux usées. Dangereux ? A priori, non… Mais la question mérite qu’on s’y intéresse de près, plaide l’Académie des technologies. Et pour plusieurs raisons

Fabrice Pouliquen

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Des eaux usées tout juste traitée dans une station d'épuration de l'Est de la France, en janvier 2013.
Des eaux usées tout juste traitée dans une station d'épuration de l'Est de la France, en janvier 2013. — FREDERICK FLORIN / AFP
  • Au Pays-Bas, aux Etats-Unis, en Espagne, mais aussi à Paris… Plusieurs études scientifiques ont démontré la présence du SARS-CoV-2, responsable de la maladie du Covid-19, dans les eaux usées.
  • Toute la question est de savoir si le virus y est toujours infectieux ? C’est l’une des zones d’ombre qui entourent aujourd’hui le coronavirus. L’Académie des technologies appelle à apporter une attention particulière et un soutien financier à ce sujet.
  • L’enjeu est déjà de s’assurer que toutes les mesures sont prises pour protéger les citoyens. Il est aussi de ne pas prendre des mesures inutiles et coûteuses, poussé par l’incertitude. Et enfin de se doter d’un outil de surveillance de l’épidémie.

Comment le virus SARS-CoV-2, responsable de la maladie Covid-19, se comporte-t-il dans l’air ? La question revient régulièrement dans le débat public depuis le début de l’épidémie, sans que la science ne puisse y répondre de manière certaine.

Le comportement du coronavirus dans l’eau est tout aussi épineux. « On sait que pour l’eau potable, le risque est quasi-nul, tant les traitements habituels sont efficaces contre ce type de virus », commence Bernard Saunier, membre de l’Académie des technologies, société savante cousine de l’ Académie des Sciences.

« Qu’il y ait du génome de virus dans les eaux usées n’est plus discuté aujourd’hui »

Début avril, dans une correspondance publiée dans The Lancet, des chercheurs du Centre de contrôle des maladies infectieuses des Pays-Bas ont annoncé avoir décelé des traces du SARS-CoV-2 dans des eaux usées d’Amsterdam. Le 19 avril, la mairie de Paris annonçait aussi avoir détecté des « traces infimes » du virus en plusieurs points de prélèvement de son réseau d’eau non potable. Réseau qu’elle utilise notamment pour arroser certains parcs et jardins ou nettoyer les rues.

« Qu’on puisse trouver du génome de SARS-CoV-2 dans les eaux usées n’est plus discuté aujourd’hui, tranche Christophe Gantzer, professeur au LCPME, un laboratoire de l’université de Lorraine et du CNRS, où il travaille sur le comportement des virus dans l’environnement. Ce qui l’est, en revanche, est de savoir si c’est un problème ou non. » Car le génome n’est qu’un bout de virus pas toujours facile à interpréter. « Si on trouve du génome viral chez un patient – ce que permet de faire le test de diagnostic PCR [le fameux écouvillon plongé dans le nez] –, il n’y a pas de doute possible : la personne est contaminée, reprend Christophe Gantzer. En revanche, dans l‘environnement, le virus est en contact avec des éléments qui peuvent l’inactiver, et on ne sait pas dire si le génome détecté provient d’un virus infectieux ou non. »

Moins résistant que les virus de gastro-entérite ?

Toute la question, alors, est de connaître la persistance dans l’eau de ce coronavirus. « On connaît mieux ce point sur certains virus de gastro-entérite, qu’on qualifie de très résistants dans l’eau, poursuit le professeur à l’Université de Lorraine. Avec certains virus de gastro-entérite dans une eau stérile et à une température de 20°C, vous perdrez 80 % de la population initiale de ce virus tous les dix à quinze jours. Cet ordre de grandeur est à prendre avec des pincettes, puisque dans l’environnement naturel, le virus trouve normalement des conditions bien plus dégradées. »

La résistance dans l’eau serait bien plus faible pour les coronavirus. « Ils ont pour particularité d’avoir une enveloppe en plus qui, contrairement à ce que l’on pourrait penser, les rend plus fragiles et donc moins résistants, décrit Christophe Gantzer. Mais nous n’avons pas aujourd’hui les données scientifiques qui nous permettraient de dire au bout de combien de temps précisément. Pour lever cette zone d’ombre, il faudrait aller au-delà de la détection ponctuelle de génomes dans les eaux usées et cultiver des virus dans l’eau, pour déterminer s’ils sont infectieux ou non, ce que peu de laboratoires sont aujourd’hui capables de le faire. » Et pour l'instant, les laboratoires qui ont recherché du SARS-CoV2 infectieux dans les eaux usées n'en ont pas retrouvés, précise-t-il.

Un manque de connaissance qu’on paie aujourd’hui ?

Dans un communiqué publié ce lundi, l'Académie des technologies appelle à poursuivre les efforts et aller même plus loin. Avant de parler de culture de virus, « il n’y a qu’une poignée de laboratoires en France en capacité aujourd’hui de faire des mesures rapides et en routine [en continue] des formes de virus de Covid-19 actives dans les eaux, déplore Bernard Saunier. Techniquement, on sait le faire, mais on n’y a peu consacré de moyens ces dernières années. » 

Le paie-t-on cash aujourd’hui ? Les incertitudes pèsent beaucoup, en tout cas, dans les prises de décisions. Car si les cas de contacts de la population avec des eaux infectées au SARS-Cov-19 sont minimes, aujourd’hui en France, « ils ne sont pas non plus nuls, précise Cécile Argentin, vice-présidente de France Nature Environnement (FNE) Midi-Pyrénées. Se pose déjà la question de la protection des agents des stations d’épuration. Par ailleurs, en cas de fortes pluies, certaines stations sous-dimensionnées ne peuvent pas non plus filtrer toutes les eaux qui leur arrivent, et n’ont d’autres choix que d’en relâcher une partie, non traitée, dans les rivières. » « Un problème qui se pose à Paris dans le réseau unitaire des égouts parisiens, qui mélange eaux usées et eaux de pluies, rappelle Bernard Saunier. Lors de pluies d’orages, ces canalisations peuvent déborder et provoquer des déversements d’eaux polluées sur l’espace public et dans la Seine. »

Autre risque : celui des boues d’épuration, le principal déchet produit par les stations d’épuration en traitant les eaux usées. Traditionnellement, une partie de ces boues sont épandues non hygiénisées [c’est-à-dire non traitées] dans les champs comme engrais. Un débouché qui pose question en ces temps de coronavirus. « Au vu des données actuellement disponibles, il n’est pas possible de définir avec précision le niveau de contamination pour les boues non traitées, ni de préciser une période de stockage au-delà de laquelle le virus serait inactivé, soulignait l’Anses* dans un avis du 2 avril. Elle recommandait alors de ne pas épandre de boues d’épuration produites durant l’épisode épidémique sans hygiénisation préalable.

« Lever les interrogations pour prendre les bonnes décisions »

Ce principe de précaution ne s’applique pas seulement à l’épandage des boues d’épuration. Dans la même veine, les baignades sont à ce jour interdites en France, et la ville de Paris assure ne plus utiliser le réseau d’eau non potable dont elle se servait pour nettoyer les rues depuis qu’elle y a détecté du génome de SARS-Cov-19. Voilà pourquoi Nicolas Garnier, délégué général de l’association de collectivités locales Amorce, demande, comme l’Académie des technologies, un grand plan de recherche et développement sur la connaissance du virus et ses modes de transmission. « On se serait rendu compte, aujourd’hui, si les eaux usées étaient un important vecteur de transmission du Covid-19, commence-t-il. Mais puisqu’on est voué à vivre longtemps avec, il est essentiel de lever toutes les interrogations à ce sujet pour être sûr de prendre des bonnes décisions à l’avenir. »

L’enjeu est tant d’être sûr de protéger les populations que d’éviter de prendre des mesures finalement non-nécessaires. Nicolas Garnier songe notamment à l’interdiction de ne plus épandre les boues d’épuration non hygiénisées sur les terres agricoles. « Un vrai casse-tête pour les collectivités, nous n’étions pas préparées, raconte-t-il. Et au passage, ça coûte cher [lire encadré]. »

Et même anticiper la seconde vague de l’épidémie ?

Il y a un autre intérêt encore, tout aussi primordial, à porter une attention particulière à l’analyse des eaux usées. Celui de se doter d’un potentiel outil de surveillance de l’épidémie. C’est en tout cas l’une des conclusions d’une étude menée par laboratoire de la régie municipale Eau de Paris, en collaboration avec Sorbonne Université et l’Institut de recherche biomédicale des armées (IRBA), relaté dans The Conversation. Sur la base d’échantillons recueillis régulièrement entre le 5 mars et le 7 avril, leurs résultats publiés la semaine dernière (non validés par d’autres scientifiques) montrent que l'« augmentation des unités de génome » dans les eaux usées « suit avec précision l’augmentation du nombre de morts ».

Vincent Maréchal, virologue à Sorbonne Université, plaide alors pour la « création d’un réseau Sentinelle national de surveillance des eaux usées ». Un tel outil pourrait même permettre d’anticiper une deuxième vague d’épidémie, explique-t-il à l’AFP. Et ainsi gagner du temps dans la mise en place des mesures barrières.

Boues d’épuration : Un doute qui coûte cher ?

« Dix millions de tonnes de boues de stations d’épuration sont produites par la France chaque année, précise Nicolas Garnier. En temps normal, un tiers est composté, ce qui est l’un des procédés d’hygiénisation de ces boues. Un autre est incinéré. Et le dernier tiers est épandu sur des terres agricoles. » Sur ce dernier tiers, la moitié environ est constituée de boues non-hygiénisées. » C’est ce stock précisément qui pose problème en ces temps de coronavirus et que l’Anses recommande de ne plus épandre sur les terres agricoles.

« Nous avons dû trouver de nouvelles portes de sortie à ce gisement, reprend le délégué général d’Amorce. Une partie a été compostée, une autre incinérée, une autre encore hygiénisée pour pouvoir être épandue sur les terres agricoles. Et ça ne suffit pas à éliminer les stocks et il faudra sans doute passer par l’enfouissement d’une partie de ces boues. » Quoi qu’il en soit, ces alternatives sont souvent plus chères que celles consistant à épandre simplement ces boues dans les champs. « Epande des boues non-hygiénisées coûte entre deux et trois euros la tonne, contre 100 euros pour l’incinération », rappelle Nicolas Garnier.