Coronavirus : Pourquoi faire de la chauve-souris un bouc émissaire serait une erreur

COVID-19 « Vraisemblablement » à l'origine de la pandémie de Covid-19, la chauve-souris n'est pas pour autant davantage porteuse de virus transmissibles à l'Homme, que d'autres espèces animales

Mickaël Bosredon

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chauve-souris du genre rhinolophe
chauve-souris du genre rhinolophe — CHRISTIAN KOENIG / AFP
  • La chauve-souris serait bien le réservoir naturel de l’épidémie Covid-19, analyse un virologue.
  • Elle aurait pu transmettre le virus directement, ou par l’intermédiaire d’un hôte intermédiaire, peut-être le pangolin.
  • Cela ne doit toutefois pas ternir l’image de la chauve-souris, qui n’est pas plus porteuse de virus transmissibles à l'homme que d’autres espèces animales.
  • Les cas de transmission de virus de la chauve-souris à l’Homme, en France, sont de surcroît quasiment impossibles.

Responsable, mais pas coupable… La chauve-souris est vraisemblablement à l’origine de l'épidémie de Covid-19, confirme le virologue de l'Institut de recherche pour le développement (IRD) Eric Leroy. Si on trouve effectivement beaucoup de coronavirus chez les chauves-souris, toutes les espèces animales ont cependant été à l’origine de maladies et d’épidémies chez l’Homme dans les mêmes proportions, insiste le scientifique. Et en France, il n’y a aucun risque de transmission de ce virus, ou d’un autre, du chiroptère à l’homme. Malgré tout, la réputation de ce petit animal risque d’en pâtir en France, craignent des associations environnementales. Yannig Bernard, du groupe chiroptères en Aquitaine, souhaite rassurer la population à ce sujet. Les deux spécialistes expliquent ce qu’il faut savoir sur la chauve-souris, une espèce protégée en France.

Que sait-on à ce jour, du rôle de la chauve-souris dans l’origine de l’épidémie de Covid-19 ?

« Il n’y a pas encore eu d’étude spécifique sur les mécanismes et les modalités qui ont conduit à l’apparition de l’épidémie, ni sur la transmission du virus à partir de sa source naturelle à l’homme, explique Eric Leroy, directeur de recherche, virologue, spécialiste des zoonoses virales à l’ Institut de recherche pour le développement (IRD). Les seuls éléments disponibles à l’heure actuelle, sont des éléments de comparaison : le Sars-CoV-2 est très proche du Sars-CoV, responsable de l’épidémie de Sars au début des années 2000. Le rhinolophe, un genre de chauve-souris, étant le réservoir animal du Sars-CoV, il est vraisemblablement aussi le réservoir animal du Sars-CoV-2. Pour appuyer cette hypothèse, on a trouvé des séquences chez ces chauves-souris, très similaires aux séquences détectées chez l’homme au début de l’épidémie de Covid-19, en décembre. Pour identifier un réservoir animal d’une maladie, il est nécessaire de comparer les séquences virales trouvées chez les animaux avec celles caractérisées chez les premiers patients, car le virus évolue dans le temps, et il ne sera pas le même à la fin de la pandémie, de ce qu’il était au début. Tous ces éléments montrent que vraisemblablement, la chauve-souris est bien le réservoir naturel du virus actuel. »

La chauve-souris a-t-elle transmis le virus directement à l’homme, ou y a-t-il eu un intermédiaire ?

Dans le cas du Covid-19, « la chauve-souris est l’hôte réservoir, c’est-à-dire qu’elle héberge de manière permanente et asymptomatique, le virus », nous dit le virologue. « Plusieurs scénarios sont envisagés, concernant la transmission à l’Homme. Le premier est une transmission directe, c’est ce qui arrive par exemple quand ces animaux sont consommés par les populations locales – et c’est le cas en Asie –, lors de la manipulation de l’animal tué. Un autre scénario fait état d’une transmission indirecte, avec l’intervention d’un hôte intermédiaire, qui pourrait être le pangolin - un animal très consommé aussi en Asie - mais pas seulement. Et une autre piste serait un mix des deux, c’est-à-dire un virus qui serait une recombinaison génétique entre un virus de pangolin, et un virus de chauve-souris, et c’est ce mutant qui aurait pu infecter l’être humain. Le champ des possibles est donc encore assez vaste. »

Pourquoi la chauve-souris a-t-elle si mauvaise réputation ?

« C’est un animal qui a toujours eu mauvaise presse, reconnaît Yannig Bernard, bénévole du groupe chiroptères Aquitaine, parce qu’il vit la nuit, parce qu’il y a eu des superstitions plus ou moins baroques qui ont longtemps perduré comme le mythe de Dracula, qui n’a pas aidé, et qu’on a longtemps raconté qu’il se prend dans les cheveux… Toutefois, nous avons l’impression qu’il y a un changement depuis quelques années. L’utilité de la chauve-souris est davantage mise en avant : c’est un insectivore qui joue un rôle important dans la régulation des ravageurs, comme la pyrale du maïs ou le moustique. Les pipistrelles peuvent manger plusieurs milliers de moustiques en une nuit, mais du moustique local je précise, car la chauve-souris n’est pas le bon prédateur du moustique-tigre qui est diurne. C’est aussi un consommateur de prédateurs de la vigne, il mange du ver de la grappe. On a une grosse demande des viticulteurs qui veulent faire venir des chauves-souris sur leurs domaines. »

La chauve-souris est-elle généralement un hôte privilégié pour les virus ?

« Pas du tout », assure Eric Leroy. Une étude de 2017 a pourtant bien montré une présence massive et diverse de coronavirus chez les chiroptères. « Chaque espèce animale a ses virus particuliers, et on trouve effectivement beaucoup de coronavirus chez les chauves-souris, et uniquement au sein du genre rhinolophe, confirme le virologue. Mais des virus, il en existe des centaines et des centaines. D’autres espèces animales hébergent d’autres types de virus, et tous les virus ne sont pas transmissibles à l’homme. » Le virologue insiste : « Il faut bien comprendre que toutes les grandes épidémies qui ont déferlé sur les populations depuis des millénaires, ont toujours été des maladies dues à des agents pathogènes, pour la plupart issus des animaux. Effectivement, les chauves-souris ont un certain nombre de caractéristiques physiologiques, biologiques et écologiques, qui expliquent une grande diversité virale hébergée chez elles, mais toutes les espèces animales ont été à l’origine de maladies et d’épidémies chez l’homme dans les mêmes proportions. L’idée qui circule, comme quoi les chauves-souris seraient des réservoirs privilégiés pour les maladies humaines, est donc fausse. »

Trouve-t-on des espèces de chauve-souris du genre rhinolophe en France ?

Les espèces du genre rhinolophe sont insectivores et vivent dans des grottes. « On trouve différentes espèces de rhinolophe dans le monde entier, y compris en France, même si certaines sont spécifiques de certaines régions du monde », détaille Eric Leroy. L’espèce soupçonnée dans la pandémie de Covid-19, Rhinolophus affinis, ne vit qu’en Asie. « Il existe en tout 34 espèces de chauve-souris en France, dont 26 ont été identifiées sur le territoire de l’ex-Aquitaine, complète Yannig Bernard. Il y a trois grands groupes d’espèces dans notre région : celles qui sont liées à l’espace bâti, qui vivent dans les toitures, les caves, sous les tuiles, il y a des espèces arboricoles, qui vivent dans les trous d’arbres, et on a des espèces liées aux milieux souterrains, grottes ou carrières. Les populations sont encore importantes en Aquitaine, notamment sur l’agglomération de Bordeaux où on trouve beaucoup de pipistrelles communes. » Et toutes les espèces de chauves-souris sont protégées, il est donc interdit de les détruire. 

Existe-t-il un danger de transmission de la chauve-souris à l’homme, dans nos régions ?

« Non, assure le virologue, chez nous l’homme n’a jamais été contaminé par une chauve-souris. Certains coronavirus sont hébergés par des chauves-souris vivant dans nos régions, mais notre mode de vie exclut les contacts physiques directs. Le risque de transmission d’un virus d’une chauve-souris à l’Homme en France, n’est pas nul évidemment, mais il est infiniment faible. En tout cas pas directement. » « J’étudie les chauves-souris depuis une vingtaine d’années, et je n’ai jamais eu connaissance de maladies transmises à l’Homme avec cet animal chez nous », confirme Yannig Bernard. Même si le risque est quasiment nul, les inquiétudes autour des chiroptères risquent de s’accroître, et la réputation de la chauve-souris devrait encore en pâtir. « C’est une crainte, forcément, admet Yannig Bernard. Cela revient chaque fois qu’il y a une problématique avec les chauves-souris, cela avait déjà été le cas lors de la première épidémie de Sras. Pour l’instant, des personnes un peu inquiètes nous appellent, et on les rassure. »

Est-il possible d’anticiper la transmission du virus de la chauve-souris à l’homme ?

« On en est au troisième coronavirus qui passe chez l’homme, maintenant on sait que c’est un virus au fort potentiel zoonotique, c’est-à-dire possédant une capacité de passer de l’animal à l’Homme beaucoup plus importante que les autres virus, explique Eric Leroy. Donc les recherches doivent se focaliser majoritairement sur cette famille virale là. Il faut les caractériser le plus complètement possible, pour mettre en évidence des signaux d’alerte qui nous disent quand un virus a évolué, et quand il est proche de pouvoir se transmettre à l’homme. Alors, on pourra mettre en place des stratégies pour prévenir un éventuel événement. »