Modifier le microbiote, une solution d'avenir pour rendre les pets de vaches plus verts?

AGRICULTURE Au salon de l’agriculture, on ne fait pas que tapoter sur le cul des vaches. On planche aussi sur les moyens de réduire les quantités de méthane qu’elles rejettent dans l’atmosphère...

Fabrice Pouliquen

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 Jour 3 : Ambiance au Salon International de l'Agriculture, le 27 Fevrier 2017, Parc des Expositions de la Porte de Versailles, Paris, France.
Jour 3 : Ambiance au Salon International de l'Agriculture, le 27 Fevrier 2017, Parc des Expositions de la Porte de Versailles, Paris, France. — NICOLAS MESSYASZ/SIPA

Etonnants microbiotes. Vous n’en avez peut-être jamais entendu parler, pourtant l’un de ces gigantesques écosystèmes gît au cœur de votre intestin : 100.000 milliards de bactéries qui pèsent plus lourd que notre cerveau et qui vous aident à digérer.

L’étude de ce microcosme a déjà donné lieu « à des révolutions dans la façon d’aborder des affections telles que la maladie de Crohn, l’obésité ou l’allergie », précise l ’Inra (Institut national de la recherche agronomique), qui consacre aux microbiotes les 300 m² de son stand, en ce moment, au Salon de l’agriculture.

Les vaches, ces usines à gaz

En effet, l’étude du microbiote intestinal des animaux s’annonce tout aussi prometteuse que celle du microbiote humain. Avec même un espoir de rendre la planète un peu plus verte. C’est que les vaches et autres ruminants sont de véritables usines à gaz. Leurs rots et leurs pets rejettent dans l’atmosphère du méthane, un gaz à effet de serre 25 fois plus puissant que le CO2. Et pas en petites quantités. En France, le méthane émis par le bétail représente 7,4 % des émissions totales de gaz à effet de serre, rappelait Le Monde en novembre dernier.

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Cette production de méthane, c’est une question de microbiote. « Il permet aux ruminants d’assimiler des aliments aussi indigestes que l’herbe ou le fourrage, commence Diégo Morgavi, chercheur à l’Inra Clermont-Ferrand. En cela, le microbiote est capital. Il permet que l’homme et les ruminants n’entrent pas en concurrence dans leur régime alimentaire. »

Des graines de lin, efficaces mais peu appliquées

Il y a toutefois une contrepartie qui se nomme archées méthanogènes. « Ces microrganismes interviennent en fin de digestion en transformant l’hydrogène en méthane », poursuit Diégo Morgavi. Ce même méthane rejeté ensuite donc dans l’atmosphère…

On ne peut rien y faire ? Pas tout à fait. Diego Morgavi comme d’autres chercheurs de l’Inra, mais aussi des entreprises privées, planchent sur des solutions. La première identifiée au début des années 2000, consiste à diversifier le régime alimentaire des ruminants en introduisant des nutriments riches en lipides, comme les graines de lin. « Ils réduisent la production d’hydrogène dans le processus de digestion, ce qui donne moins de travail aux archées méthanogènes. » Le lin permet ainsi de réduire de 20 % les rejets de méthane des bovins.

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Le hic, c’est que peu d’éleveurs appliquent cette méthode. « Le lin représente un surcoût pour l’éleveur et cela ne lui apporte rien », résume Jean-Louis Peyraud, directeur scientifique adjoint agriculture à l’Inra. D’autres additifs alimentaires sont à l’étude. Comme le 3NOP, un inhibiteur de méthane testé avec un certain succès par des chercheurs de l’Université de Pennsylvanie, aux Etats-Unis. L’étude concluait, à l’été 2015, que les vaches ayant reçu l’inhibiteur ont produit 30 % de moins de méthane que les bovins témoins.

Agir plus en profondeur sur le microbiote

Ce 3NOP, qui ne devrait pas être commercialisé avant plusieurs années, ne changera toutefois pas la donne : « Il faudra l’appliquer régulièrement et représentera toujours un surcoût pour l’éleveur », note Jean-Louis Peyraud.

Emergent alors d’autres hypothèses qui consisteraient à agir sur la part des archées méthanogènes dans le microbiote du ruminant. Une seule fois et durablement. « Soit à la naissance des veaux, lorsque le microbiote se constitue à peine, par une sorte de vaccin anti-méthane, soit même par voie génétique, poursuit Jean-Louis Peyraud. Des travaux conduits en Nouvelle-Zélande, mais aussi actuellement en France, montrent qu’il y a une variabilité génétique sur les émissions de méthane des animaux. Pour une même ration ingérée, des ruminants, parfois même issus de la même étable, émettent plus de méthane que d’autres. »

Et pourquoi pas rétribuer les éleveurs peu polluants ?

Mais il n’y a ce jour que des hypothèses et quelques expériences, pas toujours concluantes. Diégo Morgavi comme Jean-Louis Peyraud s’attendent à encore plusieurs années de recherche. L’association Bleu-Blanc-Cœur, elle, ne veut pas se résoudre à attendre. Depuis 2016, elle a créé un fonds alimenté par des dons de particuliers et dispatché entre les 600 éleveurs adhérents, qui s’engagent à réduire les émissions de méthane de leur bétail sans augmenter le prix de leur lait.

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« L’an dernier, nous avons réussi à redistribuer 500 euros à chacun », précise Pierre Weill, coprésident. Pas grand-chose certes, mais le symbole est important. « Un agriculteur me racontait que d’habitude, tout ce qui touche à l’environnement est synonyme de contraintes. Pour une fois, c’est un peu d’argent. »