La France, qui a entretenu des liens aussi troubles que durables avec Bongo depuis de Gaulle, était largement représentée.
Nicolas Sarkozy était présent, avec son ministre des Affaires étrangères, Bernard Kouchner, et le secrétaire d'Etat à la Coopération, Alain Joyandet. Jacques Chirac avait aussi fait le déplacement à Libreville, mais séparément. La cérémonie a été précédée d'un bref incident lorsque la France a été prise à partie à l'arrivée au palais de Nicolas Sarkozy. Plusieurs dizaines de Gabonais lui ont lancé : « On ne veut plus de vous, partez ! » Il a ensuite été applaudi lorsque qu'il a déposé une gerbe de fleurs avec Jacques Chirac devant le cercueil du doyen des chefs d'Etat africains et symbole de la Françafrique. Hormis la France, une quinzaine de chefs d'Etat africains étaient présents dans le palais présidentiel. Lors des oraisons funèbres, Ali Ben Bongo, fils du défunt et candidat à sa succession, s'est engagé à perpétuer l'héritage de son père. Le Premier ministre, Jean Eyeghé Ndong, a quant à lui appelé à respecter « la Constitution, rien que la Constitution », qui prévoit l'élection d'un nouveau président dans les quarante-cinq jours.