Les trains express régionaux (TER) sont en vogue en Aquitaine. Entre 2003 et 2007, le nombre de gares desservies a augmenté de 20 % et la fréquentation de 30 %. Mais des problèmes persistent sur le réseau : l'axe nord-sud est congestionné et vétuste. Le mauvais état de certaines voies entraîne également des ralentissements, comme sur les liaisons Bergerac-Sarlat, Bayonne-Saint-Jean-Pied-de-Port, Pau-Oloron, Agen-Périgueux...